先是制订连坐的条例，军士逃亡军官负责，接着派出专人领导“清军“工作，后来又在全军编造“清勾册”，清查军士员额，形成明代“清军”制度的雏形。
如“小旗逃所隶三人，降为军。上至总旗、百户、千户，皆视逃军多寡，夺俸降革。其从征在外者，罚尤严”。
此外，洪武十六年，朱元璋又命五军府檄外卫所，速逮缺伍士卒，给事中潘庸等分行清理之。
十七年，兵部尚书俞纶也上疏，称“京卫军户绝者，毋冒取同姓及同姓之亲，令有司核实发补，府卫毋特遣人”。
二十一年，朱元璋又诏卫所核实军伍。
可以说，从吴王元年到眼下，这二十几年的时间中，明军军户的逃亡是一直持续的。
如果在不懂明代军户制度的人看来，这恐怕是朱元璋苛虐军士后，军士们集体反应的体现。
毕竟洪武三年正是大明朝高歌猛进，实施第二次北伐的一年。
这一年左路徐达大破王保保，让王保保木板渡黄河而逃。
右路李文忠攻破应昌擒获元昭宗之子，元昭宗仅领数十骑遁逃。
五月，明军又发兵攻占河州打开吐蕃门户。
整场战役下来，北伐明军大获全胜。
可就是在这样“从胜利走向胜利”的背景下，明军军士竟然不断逃跑，三年时间逃了四万七千之多。
这样的现象，在朱高煦看来实在是难以置信。
不过面对朱高煦的惊讶，傅友德倒是表现得十分淡定。
他接过这书，指着上面的内容说道：“三年逃兵卒四万七虽然多，但比起历朝历代，我们已经算是治军甚严的了。”
“你看秦国变法，奖励耕战，秦国农民也是变着法逃亡。”
“唐朝的太宗、高宗开疆拓土，但是府兵也是出现宁愿自残也不去打仗。”
“更近些就不必多说，两宋厢军逃亡，北虏治下的蒙古人也是争先逃亡。”
“比起前朝，我们的逃亡数量算是很少的了。”
“况且，这些逃兵逃了也好，最少让队伍的不稳定变得巩固，再往后的逃卒也越来越少了，都是些不愿意服役的军户子弟。”
傅友德给朱高煦上了一课，不过这也是和朱高煦不了解古代和近代军事史所导致的。