两京制不是明代特有的产物，早在西周的时候，就经营洛邑为东都；东汉则以洛阳为都城，以长安为西京；隋朝建都长安，隋炀帝又营建洛阳为东都。此后的唐、宋、元等朝也都有两京。
明之两京，严格意义上来说是在永乐皇帝迁都北京后才形成的。仁宗即位后，情况发生了一些变化。洪熙元年，仁宗头脑一热决意迁都南京，仍以应天为京师，称北京为行在。
不过仁宗在位不足一年，迁都南京中途夭折。宣宗即位后，他不赞成迁都，但继续维持仁宗的部分做法，仍然称北京为行在，而称南京为京师。
直到英宗即位后，才在制度层面明确了两京的关系，再次以北京为首都，南京为留都。此后，两京制形成定制，直至大明灭亡。
当然，大明的两京与其他王朝不同，有其固有的特点，其中最显著的就是官制。其他王朝在留都一般仅设京兆、留守一类
的地方最高长官，而不是成建制地设立各级官署。
而大明南京的官制，则基本上是北京的复刻，且南京诸官连品级也与北京一样。不过为了加以区别，南京的官员头衔上照例要加上南京二字。
南京远离皇权，皇帝自然要派重臣、心腹作为政权的绝对核心。然而，毕竟皇帝只有一个，南京就没有必要像北京那样设置一个内阁，以备皇帝顾问。所以相较于南北两京的六部，内阁还是具备独特性、唯一性。
既然要在南京设置重臣，那么大明在当时便先设了南京守备、协同守备、守备太监和参赞机务四个官职，组成一个领导机构叫南京守备厅会议，以管理南京以及南直隶的相关事务。
永乐十九年迁都北京后，命中军都督府掌事官守备南京，当时的官名为节制南京诸卫所。
仁宗即位后，以襄城伯李隆镇守南京；宣德时期，改镇守为守备，并规定南京守备例由公、侯、伯等勋贵担任，同时南京守备还要兼领中军都督府。
对于南京守备的职能，是有具体记载的：凡南京守备一应机务，每日会同参赞官于守备厅署理。每月朔望日，守备、参赞等官及各府堂官会同内守备，议合行事务。
从这里不难看出，南京守备厅会议便是最高的权力机构，故而后来《明史》中才有了南京以(内、外)守备及参赞机务为要职的说法。
具体而言，参赞机务的设置是晚于守