各守执大名忙于相互争斗，无暇顾及百姓的反抗，便将镇压的任务交给了各自的守护代（守护代其实就是代理守护，守护大名因为人在中央，让信任的家臣代理统治地方，产生了守护代，基本上就是代理大名）或家臣。这些守护代或家臣原本就有很强的实力，在镇压农民的反抗过程中，他们的实力更加壮大，逐渐产生了取而代之的念头。他们凭借自己强有力的私人武装，放逐甚至谋害主家，自己成了领主。
这些新崛起的割据势力为获得更大的领地和权力，相互征伐、彼此对抗120余年，这段乱世被后代称为“战国时代”，而这些地方军阀则被称为“战国大名”。
从应仁元年（1467年）到文明九年（1477年），这场大乱才暂时打上休止符，幕府也重新复归于一。
这场持续了十一年之久的混战史称“应仁之乱”。
四职：赤松氏、一色氏、山名氏、京极氏。
足利幕府实权：大将军＞三管领＞四职
虽然足利义满结束日本南北朝，成为室町幕府最盛期的缔造者，但也逐渐产生了分崩离析的势头，比如与关东御所日渐对立，并爆发了“明德之乱”、“应永之乱”等。
除了守护代或家臣，一些地方豪强乃至富甲一方的商人也趁机组织私人军队，侵夺原守护的权力，将地方守护的领国变成自己的领地。
他们的权力不受幕府约束，更不用听幕府号令，权势和领地都是靠自己一刀一枪夺来的。
由此，围绕幕府将军的继承问题，出现了山名氏、细川氏两大派系，此两大派系相互斗争,爆发了历时11年的“应仁之乱”。
此次动乱的范围遍及除九州等部分地方以外的日本全土，有接近一半的地方大名卷入其中。
四职负责统领侍所。
三管领：细川氏、斯波氏、田三（畠山）氏。
1464年，由于膝下无子，早已萌生退隐之意的室町幕府将军足利义政决定将将军之位让给正在净土寺出家的胞弟足利义视。但是令足利义政没